Unatoč činjenici kako je Zonda, odnosno model C12, pri kraju svog proizvodnog vijeka u Paganiju su se na inicijativu jednog kupca odlučili proizvesti, isključivo stazi namijenjenu, R izvedbu. Unatoč velikoj sličnosti sa standardnim modelom Zonda R bi s njim, prema sadašnjim saznanjima, trebala dijeliti svega 10% zajedničkih dijelova.

Naime, Zonda R je automobil dizajniran 'iz temelja' i visoka razina sigurnost je jedino područje u kojem odgovara standardnom modelu. Zonda R će imati duži međuoosovinski razmak (+47 mm) te širi trag kotača (+50 mm), a ukupna dužina će narasti za 394 mm. Aerodinamička svojstva automobila su uvelike unaprijeđena u odnosu na standardni model prvenstveno zahvaljujući velikom stražnjem difuzoru i krilu, naravno sve je izrađeno od karbonskih vlakana.

U ovom će se automobilu nalaziti pregršt vrhunske tehnologije, a svakako jednu od najvažnijih značajki čini AMG-ov motor. Riječ je o 6,0-litrenom V12 pogonskom stroju snage 750 KS pri 8000 o/min i maksimalni okretni moment od 710 Nm, a temelji se na motoru iz modela CLK GTR. Motor je uparen s novim paganijevim 6-stupanjski poprečnim sekvencijalnim mjenjačem.

Proizvodnja Zonde R će biti ograničena na seriju od svega 10 primjeraka, a kupci će za svaki morati izdvojiti oko 1,2 milijuna Eura.